据估计人类肠道中含有100万亿细菌，是人体细胞的10倍。
这些细菌，或肠道菌群，在很多方面影响着健康，从帮助从食物中提取能量到建立人体免疫系统，到防止有害的致病细菌感染。
研究人员刚刚开始了解肠道细菌组成的差异如何影响人类健康。从我们目前所知，以下是肠道菌群影响健康的五种方式：
肥胖症
越来越多的研究表明肠道细菌影响体重。最近的一项研究发现，肥胖者的肠道菌群多样性低于瘦人。其他研究表明，一组被称为厚壁菌门的肠道细菌的增加和一组被称为拟杆菌门的肠道细菌的减少与肥胖有关。
对动物进行的研究可能为肠道细菌如何影响体重增加提供线索。最近的一项研究发现，接受肥胖者“肠道细菌移植”的老鼠比接受瘦人细菌移植的老鼠体重和脂肪量增加更多。
更重要的是，移植改变了老鼠的新陈代谢:从一个肥胖的人身上接收肠道细菌的动物的新陈代谢变化与人类的肥胖有关(例如增加了被称为支链氨基酸的化合物的产生);而那些从瘦人体内获得肠道细菌的老鼠，其新陈代谢变化与体重下降(如碳水化合物分解增加)有关。
心脏疾病
最近的一项研究表明，当肠道细菌以某些食物(包括鸡蛋和牛肉)为食时，它们产生的一种化合物可能会增加患心脏病的风险。
在这项研究中，血液中三甲胺- n -氧化物(TMAO)含量高的参与者患心脏病、中风或死亡的几率是含量低的人的2.5倍。
研究人员说，尽管这只是初步的发现，但研究结果强化了现有的降低心脏病风险的饮食建议，即建议人们减少食用高脂肪和高胆固醇的食物(如牛肉和鸡蛋)。
免疫系统
肠道是人体免疫系统与外界物质相互作用的主要区域。因此，肠道细菌和你自己的细胞之间的相互作用似乎在发育完全正常的免疫系统中扮演着重要的角色。根据2003年发表在《柳叶刀》(Lancet)杂志上的一篇评论文章，肠内的淋巴组织包含了能够产生免疫反应的最大细胞池。
2012年的一项研究发现，无论是母乳喂养还是配方奶粉，都会影响婴儿肠道细菌的组成，进而影响免疫系统的发育。只吃母乳的婴儿比只吃配方奶粉的婴儿肠道细菌的多样性更高。婴儿肠道细菌中“开启”的基因和免疫系统中“开启”的基因之间也存在联系。
头脑
在动物身上的研究表明，破坏肠道细菌可能会对大脑产生影响，进而影响动物的行为。
2011年在老鼠身上进行的一项研究发现，服用抗生素(可以杀死肠道细菌)的动物变得不那么焦虑，当它们的肠道细菌恢复时，它们的焦虑也会恢复。
服用抗生素的老鼠的大脑化学成分也发生了变化，这与抑郁有关。
研究人员表示，他们怀疑这些细菌正在产生能够进入并影响大脑的化学物质。
研究人员说，如果肠道细菌在人类行为中起作用，那么旨在恢复正常肠道菌群(如益生菌)的疗法可能有助于纠正胃肠道疾病患者的行为和情绪变化。然而，这些结果是否适用于人尚不清楚。
婴儿腹绞痛
最近的研究表明，婴儿肠道细菌的异常可能是引起腹痛或过度哭闹的原因之一。
在这项研究中，患疝气的婴儿(他们在没有任何医学理由的情况下每天哭闹超过三个小时)有一个明显的细菌“特征”:与没有疝气的婴儿相比，他们的肠道中有一种叫做Proteobacteria的细菌数量更多。
研究人员说，Proteobacteria包括一种已知会产生气体的细菌，这种细菌可能会引起婴儿的疼痛和哭闹。
这些异常在生命的最初几个月后就消失了，这表明它们是暂时的。然而，这项研究规模不大，只进行了几个月，因此需要更多、更长的研究来证实这一结果。